Kota Raja yang dulunya menjadi Ibu Kota Kerajaan Kutai Kertanegara, kini masuk dalam wilayah Kalimatan Timur, tepatnya berada di jantung ibu kota Kabupaten Kutai. Ketika Kerajaan (Islam) Kutai diperintah oleh Sultan Hasanuddin, ia memprakarsai pembangunan masjid yang menjadi pusat pembinaan kaum muslimin, sekaligus sebagai pusat pengembangan dakwah Islam untuk wilayah Kutai dan sekitarnya. Atas jasanya itu, kaum muslimin Kutai mengabadikan nama Sultan Hasanuddin menjadi nama Masjid Jami yang dibangunnya itu.
Menurut catatan sejarah, agama Islam masuk di Kalimantan Timur sekitar abad-15. Pada awalnya, agama Islam hanya dianut oleh kalangan keluarga dan kerabat bangsawan di lingkungan istana kerajaan, setelah itu baru tersebar ke tengah-tengah rakyat awam.
Menurut penuturan Haji Achmadsyah (72 tahun). Masjid Jami Hasanuddin ini semula berlokasi di Tanjung Tangga Arung. Tetapi, karena tempat tersebut sering digenangi air, terutama ketika air sungai sedang pasang (meluap), di samping daya tampungnya yang terbatas, hanya mampu menapung sekitar 50 orang, sedangkan jumlah pemeluk agama Islam terus bertambah.
Atas pertimbangan tersebut, dibangunlah sebuah masjid yang
dirancang sedemikian rupa agar dapat menampung ratusan jamaah. Letaknya diusahakan tidak jauh dari Kerajaan Kutai, yaitu sekitar 300 meter. Proses pembangunannya dilakukan secara gotong-royong oleh seluruh kaum muslimin Kutai. Masa pembangunannya dimulai tahun 1897 dan selesai dalam tempo dua tahun.
Bangunan masjid ini memang dirancang permanen bercorak rumah adat Kalimantan, yaitu fondasinya terbuat dari beton batu kali, tiang dan dindingnya dari kayu ulin (kayu besi), sedangkan atapnya menggunakan atap sirap. Hingga kini bangunan Masjid Jami Hasanuddin telah berusia satu abad, tetapi ada beberapa bagian dindingnya tampak keropos.
Lima tahun belakangan ini, setelah dibangun Masjid Agung Kota Tenggarong maka Masjid Hasanuddin hanya digunakan untuk shalat setiap waktunya, sedangkan sore hari dimanfaatkan sebagai Taman Kanak-Kanak Al-Qur ‘an (TKA). Sedangkan, Masjid Agung Tenggarong selain digunakan untuk shalat juga untuk kegiatan majelis taklim dan tempat bermusyawarah bagi masyarakat.
