Pada sekitar tahun 1619 M terjadi pertempuran yang melibatkan prajurit Pangeran Jayakarta dengan serdadu Pemerintah Hindia Belanda yang pada waktu itu dipimpim oleh Gubemur Jenderal Jaan Pieter Zoon Coen di daerah Mangga Dua (wilayah Jakarta Pusat).
Pada pertempuran itu prajurit Pangeran Jayakarta terkepung dari beberapa arah. Dengan cara melepas jubah dan kemudian dibuang ke sebuah sumur tua, akhimya Pangeran Jayakarta dapat meloloskan diri. Akan halnya serdadu Belanda, begitu melihat jubah Pangeran ada di dalam sumur, mereka mengira Pangeran Jayakarta telah meninggal. Akhimya, sumur itu pun ditimbun.
Karena suasana yang tidak memungkinkan, akhimya Pangeran Jayakarta hijrah ke Jakarta Timur. Sampailah ia di daerah hutan jati yang sangat lebat, kini dikenal sebagai daerah Jatinegara. Di hutan jati dan di seberang Kali Sunter—pada waktu ifu-inilah, Pangeran Jayakarta kemudian mendirikan sebuah masjid.
Masjid ini persisnya didirikan pada tahun 1620 M. Pada mulanya didirikan untuk menghimpun para jawara (preman, jagoan) dan ulama untuk meneruskan perjuangannya melawan Pemerintah Belanda dan untuk menyiarkan agama Islam di tanah Sunda Kelapa.
Masjid yang tepatnya berada didaerah Jatinegara Kaum ini mengalami renovasi berkali-kali. Renovasi pertama kali dilakukan oleh Pangeran Sugeri pada tahu 1700 M. Pangeran Sugeri adalah putra Sultan Fatah (Sultan Banten). Anak danbapak ini hijrah, kemudianbergabung dengan Pangeran Jayakarta, karena mereka berselisih dengan saudaranya, Sultan Haji yang diangkat menjadi Penguasa Banten oleh Pemerintah Hindia Belanda.
Mengingat Pangeran Jayakarta adalah seorang pejuang, maka kelestarian Masjid Assalafiyah yang dibangunnya pun menjadi tanggung jawab Pemda DKI Jakarta. Segala bentuk pembangunan maupun perbaikan masjid menjadi wewenang Pemda DKI. Terutama renovasi terhadap cungkup makam Pangeran Jayakarta itu sendiri.
Benda Pusaka
Pangeran Jayakarta dimakamkan bersebelahan dengan masjid yang didirikannya. Pada bangunan cungkup terdapat makam Pangeran Jayakarta itu sendiri dengan anak dan cucunya, juga Pangeran Sugeri. Sedangkan, di halaman belakang masjid merupakan makam para ahli waris keturunannya. Sampai kini tanah makam tersebut khusus diperuntukan bagi keturunannya.
Masjid ini mempunyai beberapa benda pusaka, di antaranya sebuah tasbih dan sebuah gobang. Konon cerita tasbih tersebut berciri terdapat mata uang VOC yang tengahnya berlubang. Sedangkan, pusaka yang berupa gobang, dahulunya lebih mirip sebagai tanda peringatan bila bahaya datang. Kini, kedua benda pusaka tersebut raib alias hilang tidak diketahui rimbanya.
Sedangkan, benda peninggalan yang ada dalam masjid tersebut adalah keempat tiang penyangga yang menghubungkan menara atas, merupakan bangunan asli terbuat dari kayu jati asli.
Adapun menara itu sendiri mempunyai keunikan. Pada sisi tepi menara di dalamnya terdapat ukiran huruf Arab berbentuk sarang tawon. Kedua bentuk tersebut sampai kini tetap dipertahankan keasliannya.
