Tersebutlah seorang tokoh Islam sekaligus penyebar agama Islam di Pulau Jawa yang masih keturunan Arab, al-Habib Husein. Sekitar tahun 1733, ia meninggalkan kediamannya (Semarang) menuju Kerajaan Matan (kini daerah Kalimantan Barat) untuk menyebarkan syariat Islam. Oleh Raja Matan, Sultan Kamaluddin, ia langsung diangkat menjadi Mufti Peradilan Agama.
Meskipun Habib Husein telah diangkat menjadi mufti, namun ia tetap tidak mau meniggalkan tugas sucinya, yaitu menyebarkan agama Islam. Melihat kemampuan dalam menguasai ilmu Islam, Sultan Kamaluddin menikahkan salah seorang putrinya bernama Nyai Tua dengan Habib Husein. Dari hasil perkawinannya itu melahirkan seorang putra yang kemudian diberi nama Syarif Abdurrahman pada tahun 1742.
Jabatan mufti di Kerajaan Matan sayang tidak dapat bertahan lama, sebab timbul perselisihan pendapat dengan Sultan Kamaluddin sehingga Habib Husein kemudian pindah ke Kerajaan Mempawah. Ketika ia meninggalkan Kerajaan Matan, ia diantar oleh tiga buah perahu. Sementara dari Kerajaan Mempawah yang menjemput sebanyak dua perahu, yang langsung dipimpin oleh Putra Panembahan Mempawah, Gusti Haji, dengan gelar Pangeran Mangku. Kepindahan Habib Husein terjadi pada tanggal 8 Muharam 1172 H. Tetapi, kemudian Habib Husein meninggal. Peran ayahnya itu kemudian digantikan oleh Syarif Abdurrahman.
Akan tetapi, pada tahun 1771 M, Syarif Abdurrahman dan saudara- saudaranya beserta pengikutnya meninggalkan Kerajaan Mempawah dengan tujuan menyebarkan agama Islam. Perjalanannya itu dikawal oleh 14 buah perahu yang bernama Perahu Kakap. Abdurrahman bersama rombongannya langsung menyusuri Sungai Kapuas menuju Hulu.
Tepat tanggal 14 Rajab 1185 H (23 Oktober 1771 M) rombongan Abdurrahman sampai di muara persimpangan Sungai Kapuas dan Sungai Landak. Di tanjung ini, mereka naik ke darat kemudian menebas hutan belantara untuk dijadikan daerah pemukiman. Daerah tempat tinggal Syarif Abdurrahman itu lalu diberi nama Pontianak.
Di daerah “pemukimanbaru” itulah didirikan sebuah masjid yang atapnya terdiri atas daun rumbia, yang kondisinya pun belum sempurna, namun Sultan Syarif Abdurrahman keburu meninggal dunia tahun 1808 M. Dengan wafatnya Syarif Abdurrahman, Kesultanan Pontianak dilanjutkan oleh Sultan Syarif Kasim, adik Syarif Abdurrahman.
Hal itu dapat terjadi karena putra Abdurrahman, yaitu Syarif
Usman belum dewasa. Akan tetapi, setelah Usman menginjak dewasa maka diangkatlah Syarif Usman sebagai Sultan Pontianak (1822-1855).
Pada masa kesultanan Syarif Usman inilah, masjid yang dibangun pada masa Abdurrahman dibangun kembali bahkan masih dijadikan masjid kesultanan. Demi mengabadikan nama Abdurrahman yang memiliki jasa dalam pembangunan masjid tersebut, kemudian nama Abdurrahman diabadikan untuk nama masjid yang ia rintis pertama kali.
Enam Tiang Besar
Setelah Masjid Abdurrahman ini penyempurnaannya diselesaikan, pada ruangan dalam terdapat enam buah tiang besar yang kokoh. Ini melambangkan sifat keimanan yang kuat dalam melaksanakan perintah Allah SWT. Demikian juga atap masjid yang berbentuk bangunan joglo (terdiri atas empat atap). Pada tingkat ketiga terdapat empat buah menara kecil yang melambangkan keempat sahabat Nabi (Abu Bakar, Umar, Utsman, dan Ali).
Sejak masjid ini didirikan, fungsinya tidak hanya sekadar untuk kegiatan yang bersifat ubudiyah semata-mata, tetapi lebih dari itu masjid ini juga dijadikan basis (tempat) penyebaran agama Islam. Selain itu, Masjid Abdurrahman ini dijadikan pula sebagai pusat pendalaman masalah-masalah ilmu Islam. Penggalian-penggalian ilmu pengetahuan Islam tidak saja dilakukan oleh sultan sendiri, tetapi juga oleh tokoh- tokoh Islam pada saat itu, seperti Muhammad Alqadri, Habib Abdullah Zawawi, Syekh Madani, H. Ismail Jabbar, H. Ismail Kelantan, H. Muhammad Habsyi, Habib Ahmad Syahab, Syekh Yusuf Mansur, dan masih banyak lagi yang lainnya.
